A Faculdade de Administração e Ciências Contábeis tem seu nascedouro em 1946, quando a antiga Faculdade de Ciências Econômicas e Administrativas do Rio de Janeiro (FCEARJ) – uma instituição privada de ensino superior – foi também incorporada à universidade, passando a denominar-se Faculdade Nacional de Ciências Econômicas da Universidade do Brasil (FNCE).
Na década de 50 a pesquisa foi institucionalizada na universidade como consequência de uma política nacional que criou nesse período, por exemplo, o CNPq e a CAPES. Nesse contexto foram criadas agências financiadoras nacionais e internacionais, institutos de pesquisa e também a docência em tempo integral.
Em 1965 a universidade mudou de nome, passando a se chamar: Universidade Federal do Rio de Janeiro. No mesmo ano a FNCE passou a se chamar Faculdade de Economia e Administração (FEA), que era responsável apenas pela graduação. Em 1979 criou-se o Instituto de Economia Industrial (IEI) da UFRJ objetivando exclusivamente a pós-graduação nessa área.
Nas décadas seguintes o IEI cresceu consideravelmente, a quantidade de cursos de pós-graduação, mestrado e doutorado aumentaram significativamente. Em 1996, houve uma fusão entre a FEA e o IEI. A partir de então o ensino de graduação e pós-graduação de economia ficaram unidos no Instituto de Economia (IE). Enquanto os cursos de administração e ciências contábeis, que faziam parte da FEA, permaneceram juntos na Faculdade de Administração e Ciências Contábeis (FACC). Em 2005 uma nova graduação passou a integrar a FACC, o curso de biblioteconomia e gestão de unidades de informação.
Desde sua origem na universidade, os cursos de administração, ciências contábeis e economia estiveram localizados no Palácio Universitário da Praia Vermelha. O Palácio teve sua construção iniciada em 1842 e levou dez anos para ser concluída. O objetivo inicial da construção do palácio era ser o Hospício Pedro II para tratamento dos alienados. Em 1918 a Faculdade de Medicina ganhou sede própria na Praia Vermelha. Em 1939 o Pavilhão de Observação foi transferido para a então Universidade do Brasil, e deu origem ao Instituto de Psiquiatria (IPUB). Devido à superpopulação, em 1944 os cerca de três mil internos foram transferidos para a Colônia Juliano Moreira e o palácio ficou abandonado.
Ao longo de sua história o palácio mudou de nome várias vezes: até 1890 chamou-se Hospício Pedro II; até 1937 – Hospício Nacional de Alienados; até 1944 – Hospital Psiquiátrico da Praia Vermelha; e em 1948 foi cedido a então Universidade do Brasil. O reitor da época, Pedro Calmon, realizou uma grande reforma no palácio, pois estava bastante degradado e também precisava ser adaptado às necessidades dos usos da universidade.
Além dos cursos universitários o palácio abrigou a reitoria entre 1949 e 1952. Na Praia Vermelha ocorreram importantes manifestações culturais, artísticas e políticas. Atualmente o campus universitário da UFRJ na Praia Vermelha abriga diversos cursos, inclusive os da FACC.
Em 1920, em comemoração aos noventa e oito anos da independência, através de um decreto presidencial foi criada a Universidade do Rio de Janeiro. Sua origem se deu pela reunião de faculdades de ensino superior que funcionavam isoladamente no Rio de Janeiro: a Faculdade de Medicina, a Escola Politécnica e a Faculdade de Direito.
Na década de 30 com a criação do Ministério da Educação e Saúde, uma reforma educacional, estabeleceu a organização da universidade como vigorou até 1960. Outras escolas foram gradativamente anexadas à universidade, que em 37 por meio de uma lei passou a se chamar Universidade do Brasil e deveria estabelecer o modelo de educação superior para o Brasil.
Em finais de 1945 a Universidade do Brasil já contava com 14 faculdades implantadas e em funcionamento, quando se tornou pessoa jurídica, com autonomia administrativa, financeira, didática e disciplinar.